Отречение Карла V и распад его монархии не означали отказа Габсбургов от использования католической церкви в качестве орудия своей политики. Наступил один из самых мрачных периодов испанской истории, когда с особой силой проявились все худшие стороны сложившегося в Испании режима. Филипп фанатически преследовал одну цель — торжество католицизма и беспощадное истребление еретиков.

Жестоким преследованиям инквизиции подвергались мориски. Им запрещалось носить старинные костюмы, говорить, читать и писать по-арабски. Вся жизнь морисков находилась под неусыпным наблюдением инквизиторов, которые нередко обвиняли их в несоблюдении католических обрядов и карали за это. В 1568 г. мориски Андалусии подняли восстание, которое было подавлено только в 1571 г., причём мужчин поголовно истребляли, а женщин и детей тысячами продавали в рабство.
Зачастую инквизиция обвиняла в ереси политических противников абсолютизма, что давало удобный предлог для расправы с ними. За время царствования Филиппа в Испании было устроено во славу католической церкви более 100 ауто-да-фе; во время некоторых из них на кострах сжигали по 80—90 человек. Разветвлённая система шпионажа охватывала всю страну. Ложные доносы и стремление инквизиции обогатиться за счёт имущества казнённых увеличивали число её жертв.
Филипп II перенёс столицу Испании из Толедо в Мадрид и почти постоянно находился в своём мрачном дворце, построенном около Мадрида, — Эскориале. Стремясь сосредоточить в своих руках всё управление страной, он вмешивался в работу государственных органов и единолично решал все, даже незначительные, вопросы. Чрезвычайно разросшийся бюрократический аппарат требовал на своё содержание колоссальных средств, а в делах управления царил хаос.
Проводившаяся Филиппом в Испании централизаторская внутренняя политика вызвала в 1591 г. восстание горожан и дворян Сарагосы, защищавших вольности Арагона, который всё ещё сохранял значительную степень самостоятельности. Филипп впервые ввёл на территорию Арагона кастильские войска и жестоко расправился с восставшими, истребив все оппозиционно настроенные группировки среди дворянства и жителей Сарагосы. Он установил и в этой провинции свою неограниченную власть.
